Data la primera cita documental de la localidad del año 1062, al incluirse el topónimo "Coscorrita" en una Real Cédula emitida por el monarca Sancho de Navarra en provecho del noble García Garcei; consistían los bienes cedidos en las casas realengas de Zarratón.

En 1085, Fortunio, Obispo de Álava, eximía del pago de tercias y cuartas a las Iglesias de Hulla, Iraza, Quosquorrita y Mundaca, existiendo criterios encontrados sobre si la localidad beneficiada era la que nos ocupa u otra que, en opinión del Padre Risco, existió en Álava.

Un año después, se menciona a un cautivo natural de Cuzcurrita -Servando- en el relato de un milagro de Santo Domingo de Silos.

El Fuero de Miranda de Ebro relacionaba, también a finales del siglo XI, la existencia de "Quosquorrita".

El 15 de Noviembre de 1367, el monarca Enrique II de Trastamara recompensaba al Alcalde Mayor de los Hijosdalgos de Castilla, don Juan Martínez de Rojas - a la sazón Señor de Cabia, Monzón y Valdespina - entregándole el Señorío de Cuzcurrita, con todos sus territorios y derechos.

En el siglo XVI, reinando Felipe II, el IX Señor de Cuzcurrita, Pedro Velasco, por su matrimonio con Marta de Rojas y Osorio, fundaron mayorazgo, esculpiendo sus armas en la puerta de entrada del castillo tal como actualmente puede observarse.

Este castillo fue construido por los Suárez de Figueroa a finales del siglo XIV o comienzos del siglo XV. En el siglo XIX, tras las leyes que abolieron señoríos y mayorazgos, siguió perteneciendo durante unos años a los descendientes de la familia Velasco-Rojas. Posteriormente se vio sometido a sucesivas compras y ventas, hasta el año 1945 en que sus nuevos propietarios lo restauraron y acondicionaron para vivienda.

Cuzcurrita, en la Edad Media, fue plaza fuerte; la villa estaba amurallada, además de tener su castillo extramuros. De su pasado medieval de villa de señorío conserva hoy como prueba inequívoca el Rollo, todavía hoy situado en el monte el Bolo. Esta columna, situada a las afueras de la villa, era símbolo inequívoco de que el lugar era de señorío. Entre los derechos de los señores, éstos tenían la facultad de poner horca, picota y cuchillo. La horca, pena exclusiva de siervos y plebeyos, fue abolida en el siglo XIX por las Cortes de Cádiz. La picota, especie de aguja ubicada en la parte superior del rollo, era donde se exponían las cabezas de los ajusticiados. El rollo servía además para castigar y pagar las penas menores de los delincuentes comunes, que tras ser azotados, eran expuestos a pública vergüenza. Igual que la horca, fue abolida en el siglo XIX por las Cortes de Cádiz.

Perteneciente al partido de Santo Domingo de la Calzada, formó parte de la provincia de Burgos hasta la creación de la nueva provincia de Logroño (Real Decreto del 30 de Noviembre de 1833). Un año más tarde, dividida la provincia en nueve partidos judiciales, quedó incluido en el de Haro (Real Decreto del 21 de Abril de 1834). En el censo de población de la corona de Castilla del siglo XVI aparece citado con 54 vecinos (270 almas). En el censo del "Diccionario Geográfico" publicado en Barcelona en 1830, registra 1400 habitantes. En el censo de la nueva provincia de Logroño de 1840 aparece con una población de 1190 almas.